首先可以明確清楚的是，碩士論文的正文是必查部分，除此之外，碩士論文內容的查重范圍還包括有論文封面、聲明、摘要、致謝、參考文獻和論文附錄等，如果將論文的開題報告也上傳了的話，也是會進行重復率檢測的。

對于碩士論文來說，檢測碩士論文重復率最準確的論文查重系統是知網VIP論文查重系統，知網的數據庫比對查重范圍由以下數據庫構成：中國學術期刊網絡出版總庫、中國博士學位論文全文數據庫/中國優秀碩士學位論文全文數據庫、中國重要會議論文全文數據庫、中國重要報紙全文數據庫、中國專利全文數據庫、學術論文聯合比對庫、互聯網資源、英文數據庫、港澳臺學術文獻庫、優先出版文獻庫、圖書資源、個人比對庫和學術論文聯合比對庫等。

參考文獻應該不算，因為提供的參考文獻主要用于確定正文中重復的地方是否屬于引用。

使用PaperRater畢業論文查重參考文獻要上傳檢測的，像標題、目錄、作者信息不提交檢測，僅提交摘要、關鍵詞、正文和參考文獻，避免干擾檢測結果。

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